本校前身為「媽祖宮日語傳習所」，於民前13年（1899年）11月26日奉准改設為「媽宮公學校」，並於民前12年（1900年）1月8日正式開學，迄今已逾一百週年。歷經二次校址遷移（1900年4月 城隍廟東北側程朱祠旁）、1933年遷至現址
本校不僅為本縣國民小學第一校，且為馬公市各國民小學之源頭：自日據時代至今，本校已先後直接或間接衍分獨立出現今馬公市之五德國小（又分出山水國小、時裡國小）、石泉國小（又分出興仁國小、東衛國小、文澳國小）、風櫃國小、虎井國小（又分出桶盤國小）、中興國小、中正國小。故本校為「澎湖縣最古老之小學」及「馬公市國民小學之母」。